Package org.forester.phylogeny.data

Class PhylogenyDataUtil

  • public final class PhylogenyDataUtil
extends java.lang.Object

    • Field Summary

      Fields 
      Modifier and Type Field Description
      static double BRANCH_LENGTH_DEFAULT
      Value of -99.0 is used as default value.

    • Method Summary

      All Methods Static Methods Concrete Methods 
      Modifier and Type Method Description
      static void appendClose​(java.io.Writer w, java.lang.String element_name)  
      static void appendElement​(java.io.Writer w, java.lang.String element_name, java.lang.String value)  
      static void appendElement​(java.io.Writer w, java.lang.String element_name, java.lang.String value, java.lang.String indentation)  
      static void appendElement​(java.io.Writer w, java.lang.String element_name, java.lang.String value, java.lang.String attribute_name, java.lang.String attribute_value)  
      static void appendElement​(java.io.Writer w, java.lang.String element_name, java.lang.String value, java.lang.String attribute_name, java.lang.String attribute_value, java.lang.String indentation)  
      static void appendElement​(java.io.Writer w, java.lang.String element_name, java.lang.String value, java.lang.String attribute1_name, java.lang.String attribute1_value, java.lang.String attribute2_name, java.lang.String attribute2_value)  
      static void appendElement​(java.io.Writer w, java.lang.String element_name, java.lang.String value, java.lang.String attribute1_name, java.lang.String attribute1_value, java.lang.String attribute2_name, java.lang.String attribute2_value, java.lang.String indentation)  
      static void appendElement​(java.io.Writer w, java.lang.String element_name, java.lang.String attribute1_name, java.lang.String attribute1_value, java.lang.String attribute2_name, java.lang.String attribute2_value, java.lang.String attribute3_name, java.lang.String attribute3_value, java.lang.String attribute4_name, java.lang.String attribute4_value, java.lang.String indentation)  
      static void appendElement​(java.io.Writer w, java.lang.String element_name, java.lang.String value, java.lang.String attribute1_name, java.lang.String attribute1_value, java.lang.String attribute2_name, java.lang.String attribute2_value, java.lang.String attribute3_name, java.lang.String attribute3_value, java.lang.String attribute4_name, java.lang.String attribute4_value, java.lang.String attribute5_name, java.lang.String attribute5_value, java.lang.String indentation)  
      static void appendOpen​(java.io.Writer w, java.lang.String element_name)  
      static void appendOpen​(java.io.Writer w, java.lang.String element_name, java.lang.String attribute_name, java.lang.String attribute_value)  
      static void appendOpen​(java.io.Writer w, java.lang.String element_name, java.lang.String attribute1_name, java.lang.String attribute1_value, java.lang.String attribute2_name, java.lang.String attribute2_value)  
      static void appendOpen​(java.io.Writer w, java.lang.String element_name, java.lang.String attribute1_name, java.lang.String attribute1_value, java.lang.String attribute2_name, java.lang.String attribute2_value, java.lang.String attribute3_name, java.lang.String attribute3_value)  
      static void appendOpen​(java.io.Writer w, java.lang.String element_name, java.lang.String attribute1_name, java.lang.String attribute1_value, java.lang.String attribute2_name, java.lang.String attribute2_value, java.lang.String attribute3_name, java.lang.String attribute3_value, java.lang.String attribute4_name, java.lang.String attribute4_value)  
      static void appendOpen​(java.io.Writer w, java.lang.String element_name, java.lang.String attribute1_name, java.lang.String attribute1_value, java.lang.String attribute2_name, java.lang.String attribute2_value, java.lang.String attribute3_name, java.lang.String attribute3_value, java.lang.String attribute4_name, java.lang.String attribute4_value, java.lang.String attribute5_name, java.lang.String attribute5_value)  
      static java.util.ArrayList<PhylogenyData> copy​(java.util.ArrayList<PhylogenyData> list)
      Creates a deep copy of ArrayList of PhylogenyData objects.
      static void drawLine​(double x1, double y1, double x2, double y2, java.awt.Graphics g)  
      static java.lang.String replaceIllegalXmlCharacters​(java.lang.String value)  

      • Methods inherited from class java.lang.Object

        clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait

    • Field Detail

      • BRANCH_LENGTH_DEFAULT

        public static final double BRANCH_LENGTH_DEFAULT
        Value of -99.0 is used as default value.
        See Also:
        Constant Field Values

    • Constructor Detail

      • PhylogenyDataUtil

        public PhylogenyDataUtil()

    • Method Detail

      • appendClose

        public static void appendClose​(java.io.Writer w,
                               java.lang.String element_name)
                        throws java.io.IOException
        Throws:
        java.io.IOException

      • appendElement

        public static void appendElement​(java.io.Writer w,
                                 java.lang.String element_name,
                                 java.lang.String value)
                          throws java.io.IOException
        Throws:
        java.io.IOException

      • appendElement

        public static void appendElement​(java.io.Writer w,
                                 java.lang.String element_name,
                                 java.lang.String value,
                                 java.lang.String indentation)
                          throws java.io.IOException
        Throws:
        java.io.IOException

      • appendElement

        public static void appendElement​(java.io.Writer w,
                                 java.lang.String element_name,
                                 java.lang.String value,
                                 java.lang.String attribute_name,
                                 java.lang.String attribute_value)
                          throws java.io.IOException
        Throws:
        java.io.IOException

      • appendElement

        public static void appendElement​(java.io.Writer w,
                                 java.lang.String element_name,
                                 java.lang.String value,
                                 java.lang.String attribute_name,
                                 java.lang.String attribute_value,
                                 java.lang.String indentation)
                          throws java.io.IOException
        Throws:
        java.io.IOException

      • appendElement

        public static void appendElement​(java.io.Writer w,
                                 java.lang.String element_name,
                                 java.lang.String value,
                                 java.lang.String attribute1_name,
                                 java.lang.String attribute1_value,
                                 java.lang.String attribute2_name,
                                 java.lang.String attribute2_value,
                                 java.lang.String indentation)
                          throws java.io.IOException
        Throws:
        java.io.IOException

      • appendElement

        public static void appendElement​(java.io.Writer w,
                                 java.lang.String element_name,
                                 java.lang.String value,
                                 java.lang.String attribute1_name,
                                 java.lang.String attribute1_value,
                                 java.lang.String attribute2_name,
                                 java.lang.String attribute2_value)
                          throws java.io.IOException
        Throws:
        java.io.IOException

      • appendElement

        public static void appendElement​(java.io.Writer w,
                                 java.lang.String element_name,
                                 java.lang.String attribute1_name,
                                 java.lang.String attribute1_value,
                                 java.lang.String attribute2_name,
                                 java.lang.String attribute2_value,
                                 java.lang.String attribute3_name,
                                 java.lang.String attribute3_value,
                                 java.lang.String attribute4_name,
                                 java.lang.String attribute4_value,
                                 java.lang.String indentation)
                          throws java.io.IOException
        Throws:
        java.io.IOException

      • appendElement

        public static void appendElement​(java.io.Writer w,
                                 java.lang.String element_name,
                                 java.lang.String value,
                                 java.lang.String attribute1_name,
                                 java.lang.String attribute1_value,
                                 java.lang.String attribute2_name,
                                 java.lang.String attribute2_value,
                                 java.lang.String attribute3_name,
                                 java.lang.String attribute3_value,
                                 java.lang.String attribute4_name,
                                 java.lang.String attribute4_value,
                                 java.lang.String attribute5_name,
                                 java.lang.String attribute5_value,
                                 java.lang.String indentation)
                          throws java.io.IOException
        Throws:
        java.io.IOException

      • appendOpen

        public static void appendOpen​(java.io.Writer w,
                              java.lang.String element_name)
                       throws java.io.IOException
        Throws:
        java.io.IOException

      • appendOpen

        public static void appendOpen​(java.io.Writer w,
                              java.lang.String element_name,
                              java.lang.String attribute_name,
                              java.lang.String attribute_value)
                       throws java.io.IOException
        Throws:
        java.io.IOException

      • appendOpen

        public static void appendOpen​(java.io.Writer w,
                              java.lang.String element_name,
                              java.lang.String attribute1_name,
                              java.lang.String attribute1_value,
                              java.lang.String attribute2_name,
                              java.lang.String attribute2_value)
                       throws java.io.IOException
        Throws:
        java.io.IOException

      • appendOpen

        public static void appendOpen​(java.io.Writer w,
                              java.lang.String element_name,
                              java.lang.String attribute1_name,
                              java.lang.String attribute1_value,
                              java.lang.String attribute2_name,
                              java.lang.String attribute2_value,
                              java.lang.String attribute3_name,
                              java.lang.String attribute3_value)
                       throws java.io.IOException
        Throws:
        java.io.IOException

      • appendOpen

        public static void appendOpen​(java.io.Writer w,
                              java.lang.String element_name,
                              java.lang.String attribute1_name,
                              java.lang.String attribute1_value,
                              java.lang.String attribute2_name,
                              java.lang.String attribute2_value,
                              java.lang.String attribute3_name,
                              java.lang.String attribute3_value,
                              java.lang.String attribute4_name,
                              java.lang.String attribute4_value)
                       throws java.io.IOException
        Throws:
        java.io.IOException

      • appendOpen

        public static void appendOpen​(java.io.Writer w,
                              java.lang.String element_name,
                              java.lang.String attribute1_name,
                              java.lang.String attribute1_value,
                              java.lang.String attribute2_name,
                              java.lang.String attribute2_value,
                              java.lang.String attribute3_name,
                              java.lang.String attribute3_value,
                              java.lang.String attribute4_name,
                              java.lang.String attribute4_value,
                              java.lang.String attribute5_name,
                              java.lang.String attribute5_value)
                       throws java.io.IOException
        Throws:
        java.io.IOException

      • copy

        public static java.util.ArrayList<PhylogenyData> copy​(java.util.ArrayList<PhylogenyData> list)
        Creates a deep copy of ArrayList of PhylogenyData objects.
        Parameters:
        list - an ArrayList of PhylogenyData objects
        Returns:
        a deep copy of ArrayList list

      • drawLine

        public static void drawLine​(double x1,
                            double y1,
                            double x2,
                            double y2,
                            java.awt.Graphics g)

      • replaceIllegalXmlCharacters

        public static java.lang.String replaceIllegalXmlCharacters​(java.lang.String value)